臭氧杀菌器是以氧气或空气为气源，空气经压缩、冷凝、过滤、干燥等预处理净化后，进入高压放电管，在高压放电环境中，空气中部分氧分子激发分解成氧原子，氧原子与氧原子(或氧原子与氧分子)结合生成臭氧。臭氧与水混合后形成的臭氧水溶液具有很强的杀菌作用，它能够迅速广泛地杀灭多种微生物和致病菌，当其浓度达到2mg/L时，作用1min，即可将大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、细菌的芽孢、黑曲霉、酵母等微生物杀死。实际生产中，灌入桶或瓶内的臭氧水浓度应该在0.5mg/L以上，否则无法保证杀死包装材料上残留的微生物，很可能会造成这样的结果：产品入库检验时，由于低浓度臭氧的抑菌作用，活菌的检出率较低，但放置一周后，由于细菌的生长繁殖，复检时的检出率可能会很高。
      臭氧的杀菌效果主要取决于水中臭氧的含量。水中臭氧的含量越高，杀菌的效果越佳。而水中臭氧的浓度又取决于进入水中的臭氧气体浓度、水温和臭氧在水中的分散程度。当通入的臭氧气体浓度越高，水温越低，臭氧在水中的分散程度越高。臭氧与水的混合越充分，水中臭氧含量越高，杀菌效果自然越好。
      由此我们了解到影响臭氧杀菌器杀菌效果因素有内部臭氧产量以及外部臭氧混合情况。
      臭氧发生器中的关键部件是放电管，放电管的效率高，产生的臭氧气体浓度高，在实际使用过程中，若进入放电管中的气体含有水份和油污，会大大降低放电管的工作效率。因此，进入放电管中的压缩空气或氧气必须经过严格的除水除油(由空压机带入)处理，不然会影响到臭氧杀菌器的臭氧的产量。
外部因素就是臭氧和水的混合方式，臭氧和水的方式有2中，一种是臭氧混合塔混合，另外一种是射流器混合。
1、臭氧混合塔混合，臭氧在臭氧-水在臭氧混合塔中与水混合形成灌装水。一般臭氧通过布气板经过充分的切割成小气泡，臭氧与水在塔内的混合主要是以对流方式混合的，使水和臭氧成分的混合。
2、臭氧先进入-水射器(文丘里管)，然后在一固定螺旋混合器中与水在湍流下充分混合。该方法具有传质系数高，水中臭氧浓度高，占地面积小等优点，比较适合于以氧气作气源的设备。