紫外线是一种肉眼看不到的光波。紫外线源自太阳发出的一种电磁波，它是物质运动的一种特殊形式。它是未连接的粒子流。每个 253.7nm 的紫外光子具有 4.9eV 的能量。当紫外线照射微生物时，会发生能量的传递和积累，积累的结果会使微生物失活，从而达到消毒的目的。当细菌、病毒吸收超过3600～3600㎡ uw/c剂量时，对细菌和病毒的DNA（DNA）和核糖核酸（RNA）具有很强的破坏力，可使细菌、病毒丧失生存能力和生育能力，在反过来，消灭细菌、病毒，达到消毒杀菌的效果。紫外线可以使核酸发生突变，阻断其复制，阻断其转录和蛋白质合成。另一方面，自由基会引起光电离，导致细胞死亡。

紫外线杀菌器的杀菌原理是利用紫外线管照射的强度，即紫外线杀菌灯照射的强度，与被照射消毒剂的距离成反比。当照射强度一定时，被照射的消毒剂停留的时间越长，离消毒剂灯管越近，其杀菌效果越好，越差。